В прошлых частях Assassin`s Creed сюжет постоянно изменялся. То он проходил в давних эпохах, в которых были предки главного героя, а то переходил в
сегодняшний, где Дезмонд был участником разных экспериментов Abstergo, которые приводили к жертвам людей.

     В предыдущих частях одной из главных интриг было путешествие по времени, однако со временем игроки стали подмечать, что этот прием не лучшим образом скажется на атмосфере игры. Поэтому в Black Flag «Ubisoft» свели частоту визитов в наш мир до минимума.

     Все подробности изменений сообщил директор проекта Ашраф Измаил, которое он написал в оф. блоге Ubisoft. По сюжету игроку будет предстоять покинуть Анимус всего лишь 5 раз и длительность миссии составит всего-навсего три-пять минут.

     Если у вас будет присутствовать желание побывать в современном мире, то вы получите такой шанс. Вы сможете продлить пребывание и до пяти часов, где будете исследовать помещения компания Abstergo одним из ее сотрудников. Вы будете взламывать компьютеры компании в поисках документов, в которых будет рассказываться, что произошло с Дезмондом после третьей части.